Obrazovna djelatnost Fakulteta nužno uključuje i naučno-istraživački rad koji se podrazumijeva u stručnom usavršavanju nastavnika i saradnika u nastavi. Pristupom Konzorcijumu biblioteka Republike Srpske za objedinjenu nabavku (KoBRSON) Fakultet je omogućio kako nastavnom osoblju tako i biblioteci Fakulteta bolju dostupnost i korišćenje naučnih informacija. Takođe, svi nastavnici Fakulteta su članovi Informacionog sistema o istraživačkoj djelatnosti u Republici Srpskoj, tj. ECRIS sistema koji uključuje baze podataka o istraživačkim organizacijama, istraživačima i projektima. Kao rezultat naučno-istraživačkog rada i aktivnosti na nivou Univerziteta, Fakultetu za proizvodnju i menadžment je tokom 2012. godine omogućen pristup publikacijama sadržanim u naučnoj bazi podataka SpringerLink čiji značaj se ogleda u činjenici da veliki broj publikacija kojima se može pristupiti obuhvata istraživanja iz naučnih oblasti koje pokriva nastavni plan i program Fakulteta: inženjerstvo, informatika, fizika, matematika, statika,i sl.

Naučno-istraživački aspekt funkcionisanja Fakulteta ogleda se i u realizovanim projektima sufinansiranim od strane Ministarstva nauke i tehnologije Republike Srpske: „Efikasnost obrade teškoobradljivih materijala (kaljenih čelika) alatima od brzoreznog čelika proizvedenog metalurgijom praha“, „Modeliranje stanja alata (zavojnih burgija) primjenom vještačke inteligencije“, „Razvoj CAD sistema za projektovanje alata za izradu žljebova zavojnih burgija“. Isto Ministarstvo je sufinansiralo i projekat „Adaptacije prostora računarske laboratorije za naučno-istraživački rad u zgradi Fakulteta za proizvodnju i menadžment Trebinje“ čime su stvoreni uslovi za povećanje kvaliteta nastave i istraživačkog rada.

U toku 2013.godine, u sklopu „Podrške tehničkoj kulturi i inovatorstvu“ Ministarstvo civilnih poslova BiH sufinansira realizaciju projekta „Izrada projektne dokumentacije i prototipa nosača sočiva za naočale“ čiji je nosilac Fakultet u partnerstvu sa nekoliko institucija i udruženja iz Istočne Hercegovine.

Laboratorijskom opremom nabavljenom za potrebe Fakulteta u okviru projekta “Modernizacija Univerziteta u Istočnom Sarajevu“, opremljeno je šest laboratorija:

1. Laboratorija za savremenu proizvodnju
2. CNC učionica
3. CNC laboratorija
4. Mjerna laboratorija
5. Laboratorija za mikroskopsku analizu
6. Sala za konferencije na daljinu

Osnovna namjena navedene laboratorijske opreme je obuka studenata I i II ciklusa studija kroz izvođenje laboratorisjkih vježbi, izradu magistarskih/master radova, doktorskih disertacija, kao i za naučno-istraživački rad nastavnika i saradnika iz svojih naučnih oblasti. Laboratorijska oprema mogućava pružanje usluga iz oblasti razvoja proizvoda i tehnologije primjer čega je uspostavljena saradnja između Fakulteta i preduzeća Orao, a.d. Bijeljina čime je uspostavljena funkcionalna veza između nauke i privrede.