Unutrašnja organizacija Poljoprivrednog fakulteta je uređena u skladu sa Statutom Univerziteta u Banjoj Luci. Osnovni rukovodni organi su Nastavno-naučno vijeće i Dekan. U periodu osnivanja Fakulteta, Nastavno-naučno vijeće je brojalo do 10 članova. Danas, Nastavno-naučno vijeće čine svi nastavnici i saradanici zaposleni sa punim radnim vremenom na Univerzitetu i ono broji 60 članova, što govori o kadrovskom potencijalu Fakulteta. Tokom proteklog perioda, za vijeće su se koristila dva naziva: prvo, Nastavno-naučno vijeće do 2007. godine, a onda Naučno-nastavno do 2010. godine, da bi po usvajanju novog Zakona o visokom obrazovanju 2010. godine, ponovo bio vraćen naziv Nastavno- naučno vijeće. Danas u radu Vijeća učestvuje i 10 predstavnika studenata. U prethodnom periodu uloga Vijeća mijenjala se saglasno odredbama Zakona o Univerzitetu, odnosno Zakona o visokom obrazovanju. Prema Zakonu o Univerzitetu, organ upravljanja je bio Savjet Fakulteta, koji je prestao da postoji momentom integracije Univerziteta. Danas Nastavno-naučno vijeće predstavlja najviši organ Fakulteta koji upućuje prijedloge Senatu i donosi odluke od značaja za rad fakulteta. Ono usvaja Statut fakulteta, kao i druge opšte akte, predlaže rektoru imenovanje i razrješenje dekana, po proceduri tajnog glasanja, formira vijeća studijskog programa ili podorganizacione jedinice unutar fakulteta i određuje njihov sastav i djelokrug rada u skladu sa Statutom Univerziteta, bira i razrješava prodekane na prijedlog dekana, bira i razrješava predstavnika u Senat po proceduri tajnog glasanja, imenuje komisiju u postupku izrade završnog rada na drugom ciklusu studija, predlaže Senatu broj, kao i kriterijume i postupak za upis studenata na fakultet, donosi odluku o prepisu studenata sa drugih visokoškolskih ustanova u skladu sa Zakonom. Dekanu u radu pomažu dva prodekana (prodekan za nastavu i prodekan za naučno istraživački rad i međunarodnu saradnju) i sekretar fakulteta. U strukturi unutrašnje organizacije nalaze se i vijeća studijskih programa, instituti i katedre. Na fakultetu postoje tri vijeća studijskih programa, i to: Vijeće studijskog programa Biljna proizvodnja, Vijeće studijskog programa Animalna proizvodnja i Vijeće studijskog programa Agrarna ekonomija i ruralni razvoj. Zadaća vijeća studijskih programa je da budu operativna tijela Nastavno-naučnog vijeća, koja razmatraju i daju prijedloge u vezi pitanja nastave prvog i drugog ciklusa predmetnih studija. Vijeća studijskih programa čine svi nastavnici i saradnici anagažovani na studijskom programu sa stalnim radnim odnosom na Univerzitetu. Vijeća studijskih programa daju mišljenja i prijedloge Nastavno-naučnom vijeću o akademskim, naučnim i stručnim pitanjima u skladu sa Statutom Fakulteta. Vijeća studijskih programa permanentno rade na inoviranju nastavnih planova i programa i unapređenju kvaliteta nastave. Naučno-istraživački rad se odvija u okviru pet instituta. Na fakultetu postoji pet instituta, i to: Institut za agroekologiju, Institut za voćarstvo, vinogradarstvo i hortikulturu, Institut za stočarstvo, Institut za ratarstvo i povrtarstvo i Institut za ekonomiku poljoprivrede. Fakultet posebnu pažnju poklanja razvoju naučno-istraživačkog rada. U okviru pet instituta egzistira 17 laboratorija i dva računarska kabineta za potrebe naučno-istraživačkog rada, ali i nastavnog procesa. U skladu sa matičnošću Poljoprivrednog fakulteta, odnosno studijskih programa, formirano je 20 katedri prema odluci Senata broj 05-4153-XIII-2/08 od 07.11.2008. godine. Devet katedri pripada Studijskom programu biljna proizvodnja, pet Studijskom programu animalna proizvodnja i 2 Studijskom programu agrarna ekonomija i ruralni razvoj. Katedre predstavljaju skup srodnih predmeta. Stručne službe fakulteta obavljaju poslove za potrebe nastavnog i naučno- istraživačkog rada.