Унутрашња организација Пољопривредног факултета је уређена у складу са Статутом Универзитета у Бањој Луци. Основни руководни органи су Наставно-научно вијеће и Декан. У периоду оснивања Факултета, Наставно-научно вијеће је бројало до 10 чланова. Данас, Наставно-научно вијеће чине сви наставници и сараданици запослени са пуним радним временом на Универзитету и оно броји 60 чланова, што говори о кадровском потенцијалу Факултета. Током протеклог периода, за вијеће су се користила два назива: прво, Наставно-научно вијеће до 2007. године, а онда Научно-наставно до 2010. године, да би по усвајању новог Закона о високом образовању 2010. године, поново био враћен назив Наставно- научно вијеће. Данас у раду Вијећа учествује и 10 представника студената. У претходном периоду улога Вијећа мијењала се сагласно одредбама Закона о Универзитету, односно Закона о високом образовању. Према Закону о Универзитету, орган управљања је био Савјет Факултета, који је престао да постоји моментом интеграције Универзитета. Данас Наставно-научно вијеће представља највиши орган Факултета који упућује приједлоге Сенату и доноси одлуке од значаја за рад факултета. Оно усваја Статут факултета, као и друге опште акте, предлаже ректору именовање и разрјешење декана, по процедури тајног гласања, формира вијећа студијског програма или подорганизационе јединице унутар факултета и одређује њихов састав и дјелокруг рада у складу са Статутом Универзитета, бира и разрјешава продекане на приједлог декана, бира и разрјешава представника у Сенат по процедури тајног гласања, именује комисију у поступку израде завршног рада на другом циклусу студија, предлаже Сенату број, као и критеријуме и поступак за упис студената на факултет, доноси одлуку о препису студената са других високошколских установа у складу са Законом. Декану у раду помажу два продекана (продекан за наставу и продекан за научно истраживачки рад и међународну сарадњу) и секретар факултета. У структури унутрашње организације налазе се и вијећа студијских програма, институти и катедре. На факултету постоје три вијећа студијских програма, и то: Вијеће студијског програма Биљна производња, Вијеће студијског програма Анимална производња и Вијеће студијског програма Аграрна економија и рурални развој. Задаћа вијећа студијских програма је да буду оперативна тијела Наставно-научног вијећа, која разматрају и дају приједлоге у вези питања наставе првог и другог циклуса предметних студија. Вијећа студијских програма чине сви наставници и сарадници анагажовани на студијском програму са сталним радним односом на Универзитету. Вијећа студијских програма дају мишљења и приједлоге Наставно-научном вијећу о академским, научним и стручним питањима у складу са Статутом Факултета. Вијећа студијских програма перманентно раде на иновирању наставних планова и програма и унапређењу квалитета наставе. Научно-истраживачки рад се одвија у оквиру пет института. На факултету постоји пет института, и то: Институт за агроекологију, Институт за воћарство, виноградарство и хортикултуру, Институт за сточарство, Институт за ратарство и повртарство и Институт за економику пољопривреде. Факултет посебну пажњу поклања развоју научно-истраживачког рада. У оквиру пет института егзистира 17 лабораторија и два рачунарска кабинета за потребе научно-истраживачког рада, али и наставног процеса. У складу са матичношћу Пољопривредног факултета, односно студијских програма, формирано је 20 катедри према одлуци Сената број 05-4153-XИИИ-2/08 од 07.11.2008. године. Девет катедри припада Студијском програму биљна производња, пет Студијском програму анимална производња и 2 Студијском програму аграрна економија и рурални развој. Катедре представљају скуп сродних предмета. Стручне службе факултета обављају послове за потребе наставног и научно- истраживачког рада.